Se accede por una puerta pequeña, situada en el muro de la derecha. El museo está dispuesto en torno al claustro principal, que es de dos plantas levantado sobre columnas de mármol blanco. El zócalo del claustro aparece revestido con azulejos sevillanos, que forman una excepcional y casi única colección, con representaciones de los cinco sentidos, las estaciones del año, escenas bíblicas, una vista de la Alameda de Hércules de Sevilla y las monjas del convento rezando en el coro, así como escenas de montería y tauromaquia.

Entre las obras que se pueden encontrar en el museo destacan una Dolorosa firmada al dorso por Meneses Osorio en 1.703, una talla del Descendimiento, de origen hispano-flamenco, del primer cuarto del siglo XVI o el arca del Jueves Santo rematada por el Pelícano y el Copón de oro.

Cuenta la historia que en el año de 1.548 D. Juan Téllez Girón, IV Conde de Ureña, funda la Universidad en memoria de las almas de sus progenitores, con el objetivo de contrarrestar los ataques heréticos de los doctores de Oxford y la reforma de Enrique VIII en Inglaterra.

Destaca por su originalidad la solería de mármol de Génova del Templo, junto a la magnífica fachada de la iglesia.