<p>La comarca del Alt Empordà alberga un seguido de espacios naturales de gran interés ecológico. El Parque Natural de los Aiguamolls del Empordà, situado entre las poblaciones de Castelló de Empúries, Empuriabrava y Sant Pere Pescador, concentra un gran número de especies de la fauna y la flora autóctonas.
<p>El Parque Natural del Cabo de Creus, con 10.787 metros cuadrados de espacio terrestres y 13.073 de espacio marítimo abraza las poblaciones litorales de Cadaqués, el Port de la Selva, Llançà y Roses, y las interiores de la Selva de Mar, Palau-saverdera, Pau y Vilajuïga. Hay que remarcar también la sierra de la Albera, que comprende los términos de la Jonquera, Rabós de Empordà, Espolla, Cantallops, Vilamaniscle, Garriguella, Mollet de Peralada y Sant Climent Sescebes, y la zona Salines-Bassegoda, que comprende los municipios de Agullana, Albanyà, Darnius, Sant Llorenç de la Muga, Maçanet de Cabrenys y la Vajol. El encanto de los pueblos de esta área se cumplimenta con una de las concentraciones de monumentos megalíticos más importantes de Cataluña y con todo un seguido de pequeñas iglesias románicas, cosa que hace que el Alt Empordà sea una de las comarcas más ricas en patrimonio natural, monumental y histórico de toda la demarcación de Gerona.