El antiguo núcleo de la ciudad fue una fortificación celta, fue saqueado hace dos milenios por los romanos, que edificaron una nueva ciudad alrededor de una fuente de aguas termales. Con la caída del Imperio Romano la ciudad volvió a ser arrasada, en este caso por los visigodos por lo que en la actualidad se conservan pocos restos romanos.

Ya en la Edad Media los condes de la Provenza se instalaron en la ciudad de Aix, transformándola en una ciudad artística y cultural clara competidora con su vecina Avinon.

La Provenza fue independiente hasta el s. XV, cuando se unió a Francia y Aix siguió como su capital hasta el s. XVIII. Los nobles construyeron elegantes palacios barrocos, y dotaron a la ciudad con boulevares y fuentes. Durante la Revolución Francesa la ciudad entró en crisis después de la huida de la aristrocracia.